گنجعلی بیگ مردی از عشیره‌ی "زیک" از طوایف ایرانی عصر صفویه بود. زمانی که عباس میرزا (شاه عباس کبیر) در هرات تحت نظر قرار داشت، او یکی از خدام مخصوص و قابل اعتماد عباس میرزا بود.

قرار بر این شد که عباس میرزا را همانند دیگر شاهزادگان به دستور شاه اسماعیل دوم به قتل برسانند، در همان روز خبر مرگ شاه به هرات رسید و عباس میرزا جان سالم به‌در برد.

علیقلی خان شاملو، مرشد قلیخان استاجلو و همین گنجعلی بیگ، شاهزاده‌ی صفوی را حفظ و به سمت پایتخت حرکت دادند. 

گنجعلی بیگ بسیار محبوب شاه عباس بود به گونه‌ای که او را بابا صدا می‌زد. مرشد قلیخان در مشهد لقب خانی به وی داد. او به حکم شاه عباس به حکومت کرمان گماشته شد.

حوزه‌ی حکومتی او از مرز فارس تا سرحدات قندهار می‌رسید. شامل تمام: کرمان، سیستان، قائنات و بلوچستان می‌شد. او در همان ابتدای ورود دست به کارهای مهم و اساسی زد، از جمله امن کردن راه‌هایی که به دریا ختم می‌شد. این کار رونق اقتصادی و تجارت را در پی داشت.

گنجعلی خان در بیشتر لشکرکشی‌های شاه عباس او را همراهی می‌کرد. از راه طبس به جنگ ازبکان رفت. برای دفع خطر عبدالباقی خان ازبک به خراسان لشکر کشید. در جنگ امرای بزرگ ایرانی همراهیشان می‌کرد، به طور مثال همراهی اللهوردی خان.

۱۰۱۳ ه.ق به آذربایجان جهت جنگ با عثمانی رفت و خودش را تا دریاچه‌ی وان رساند.

۱۰۲۰ ه‌.ق قلعه‌ی بن فهل (بم‌پور) را در بلوچستان فتح کرد.

۱۰۲۵ ه.ق برای جنگ مجدد با عثمانی‌ها عازم گرجستان شد.

۱۰۳۳ ه.ق به همراه شاه عباس عزم قندهار کرد. در همین زمان بود که شاه حکومت قندهار و توابع را به عنوان ایالت پناه گنجعلی خان به حکومت کرمان واگذار نمود.

در سال ۱۰۳۴ ه.ق و بعد از سی سال حکمرانی و خدمت، زمانی که گنجعلی خان در ایوان ارگ قندهار، روی تختی تکیه بر نرده‌های ایوان خوابیده بود، توسط گماشتگان شیر خان ابدالی به پایین پرت و کشته شد.

پسرانش علیمردان خان و محمد ذوق (حاکم بعدی کرمان) جنازه‌اش را از قندهار به مشهد آوردند. مدفن او را در جوار حرم مطهر امام رضا (ع) قرار دارد.

کارهای عمرانی بسیاری در سال‌های حکومتش بر کرمان به ثمر رساند. کاروان‌سرا، حمام، قنات و آب‌انبار از جمله بناهایی ست که به دستورش ساخته شده‌اند. 

او جهت تفریح مردم، میدانی به طول ۱۰۰ متر و عرض ۵۰ متر به عنوان تفرجگاه در وسط شهر کرمان بنا کرد که از چهار طرف محصور به بناهای اختصاصی بود. این مجموعه با نام "مجموعه‌ی گنجعلی خان" در قلب بافت تاریخی کرمان موجود است. بناهایش را مسجد، حمام، ضراب‌خانه، بازار سنتی کرمان، بازار گنجعلی خان و کاروانسرا تشکیل می‌دهند.